קורס מומחה בקרות שכר מתקדמות יכשיר את התלמידים בו לבצע את בקרות השכר בצורה אפקטיבית. הם ילמדו ויוכשרו בשיטות הייעודיות כיצד להיות מומחה בקרות שכר מתקדמות. כדי להשתתף בקורס יש להיות עם אחת מההכשרות הבאות:

1. חשבי שכר שבידם תעודת גמר קורס חשבי שכר שהעניקו האגף להכשרה או לשכת רואי החשבון בישראל.
2. רואי חשבון.
3. עורכי דין העוסק בתחום השכר.
4. מבקרים פנימיים.
5. יועצי מס.
6. כלכלנים או מי ששימשו בעבר מפקחי עבודה.

מומחי בקרות שכר מתקדמות שנכשיר בקורס יוכלו לבנות את מערך בקרות השכר על מערכת השכר שבה הם עובדים כיום. בנוסף, נלמד בקורס כיצד לבנות אקסל מתקדם עם בקרות שכר מתקדמות עבור כל סעיף, וזאת עבור מקרים בהם המעסיק לא רכש את מערכת השכר המתאימה.

יש בקרות שכר מתקדמות שמומלץ לבצע אחת לחודש, כדי לראות שהכל תקין. עם זאת, חלק מתהליכי הבקרות יש לבצע פעם בשנה, כמו דמי הבראה למשל. 

הכל תלוי בחוקת השכר של החברה.